Scio realizuje a realizovalo řadu projektů s podporou Evropského sociálního fondu.
- Eskalátor - testování AJ a čtenářské gramotnosti v SČK
- Učení na míru - vzdělávání pro pedagogy, jak zohledňovat ve výuce učební styly žáků
- Gepard - adaptivní testování informační gramotnosti pro ZŠ a nižší ročníky SŠ v ČR
- Mlok - vývoj deskové hry Ekopolis pro ZŠ a nižší ročníky SŠ v ČR (enviromentální tématika)
- Multipolis - vývoj deskové hry pro ZŠ a nižší ročníky SŠ v ČR (multikulturní tématika)
- Pohoda - systém prevence rizikového chování se zvláštním zaměřením na koncept emocionálního a sociálního zdraví
- Projekt PTPO - podpora-prirodovednych-a-technickych-oboru
- Poradce 2010 - zvýšení kvalifikace pedagogů v oblasti karierového poradenství v JČK
- Studánka - komplexní podpora rozvoje kompetence k učení žáků
- PRUT - podpora využití ICT ve výuce průřezových témat
- IANUA (Janička) - rozšíření metody CLIL a rodilých mluvčí do škol
- ICT Kouč - vzdělávání pedagogických pracovníků v oblasti využívání digitálních dotykových zařízení ve výuce